Ну это понятно, в тонкости обработки прерываний контроллера я не вникал, поэтому не могу исключать, знающие люди лучше меня разбираются.
Из-за чего может быть подобный конфликт? Нехватка питания? Как-то сомнительно... К тому же, джойстик работает нормально. Проблема вряд ли программная, т.к. на XP и на семёрке она есть на стандартных драйверах, а так же при установке специального драйвера джойстика. Гугл не помогает... Могу на бубунте проверить, если с джойстиком проблем не будет.