Skwigy, команда: [текстовый редактор, который есть в системе, например, gedit, nano, vim] [путь к файлу], в конце концов, просто его удали, сказали же, rm zsnes.cfg. Кроме того, можно включить отображение скрытых файлов/папок в файловом менеджере, а можно указать прямой путь к файлу в гуе редактора, способов море.
Зачем тебе линупс, если ты элементарных вещей не знаешь?