Можно, конечно, чисто второй слой наложить палитрой попробовать полупрозрачный, но это не очень удобно для редактирования будет, и не будет точно соответствовать реальному цвету в игре.
А для нормального накладывания слоёв там надо прилично кода переписать. Там два пути реализации - либо "развернуть" все индексы блоков и макроблоков в индексы тайлов и примешивать к ним биты палитры по 2 к 4 тайлам, как это делается в реальной NES, либо переписать модуль графики для перехода на индексные цвета (сейчас всё просто на rgba), с возможностью поменять палитру каждому отдельному блоку и сделать специальные "кисти палитры", которые будут менять цвета сразу 4-м блокам.
Первый путь хорош тем, что можно будет написать перекодирование блоков и макроблоков (я примерно считал, для Capcom игр получится таким пережатием освободить около 1кб места в ROM, ничего не теряя), второй - без заморочек и проще в реализации, и позволит анимации со сменой палитр отображать в редакторе сразу.
Работа по чуть-чуть двигается, сейчас я добавил возможность описывать блоки любого размера, вроде 4x4, используемого во многих играх (
Power Blade 2, Adventure Island 2-3, Yo-Noid, Contra Force, Batman Returns, Alien 3), теперь по старым добавленным играм прохожу, чтобы их блоки не картинками, а из ROM строить.
lancusterДа примеры игр с раздельным слоем палитры у меня есть, это Batman первый
Если хочешь помочь, можешь в личку скидывать текстовые описания строения уровней для любой игры. Если там достаточно полное описание, я напишу конфиг для редактора (или попрошу уточнить что-нибудь).