Кроме Фуджина, были еще
Куан Чи (Ричард Дивицио) — колдун, лидер Братства Теней и главный помощник Шиннока, который имеет свои собственные планы на амулет, появляется в качестве предпоследнего босса в игре.
Сарина (Лиа Монтелонго) — одна из убийц работающих на Куан Чи, появляется в качестве одного из боссов в последнем уровне игры. Если игрок не сделает на ней фаталити, то она поможет Саб-Зиро в битве с Куан Чи. После этого последует сцена в которой она попросит спасти её из Незереалма, но через секунду она будет смертельно ранена Шинноком. В мануале игры намекалось про взаимоотношения между Сариной и Рейко, но какого-либо развития эта история не получила.
Шиннок (Гери Вингерт) — падший старший бог, главный злодей игры, в одном из вариантов прохождения появляется в камере Саб-Зиро в Преисподней. Последний босс в игре, появляется в двух формах — сначала в своём обычном виде, после того, как Саб-Зиро отберёт у него амулет превращается в демона. Демона-Шиннока можно убить самым мощным спецприёмом Саб-Зиро — Полярный Взрыв, который требует для использования всю полоску энергии ледяных сил, но можно сразу прыгнуть в портал и избежать битвы, на концовке игры это не отразится.
