Смотря какие щелчки - могут быть и сэмплы грязноватые - в старой треккерной музыке в играх часто замечал, что музыканты ленились почистить сэмплы, обрезав щелчок в конце. Но чтобы явственно и громко щелкало - такого у меня нет, правда смотрел Crusader: No Regret, но это одно и то же - движок и большая часть музыки та же. В MK Trilogy точно не было такого. Улучшайзеры-эквалайзеры всякие в системе стоят ? Если да, отключи все DSP эффекты и поиграй с эквалайзером, возможно все дело в банальном клиппинге из-за задранного в настройках уровня.
Если возня с эквалайзерами, регулятором тембра или тупо громкостью не помогут, а звуковушка встроенная - купи какой-нибудь SB или что-нибудь на Envy24 и все будет нормально, замечал пару раз, что некоторые встроенные не любят некоторые восьмибитные файлы - ни у меня в линуксе с Audigy 2ZS или ESI Juli@ ни у соседа с семеркой и X-Fi Crusader в досбоксе не щелкает (сосед вообще фанат этих игрушек, со времен 486 перепроходит периодически)