McSIM, хе-хе, это будет неканонично.
Метод исправления управления:
Открываем блокнотом System\config.ini (в папке сборки DOStoWIN, разумеется, а не в Windows) и почти в самом конце файла вместо doom2 пишем setup. Сохраняемся, запускаем сборку, настраиваем управление. Затем снова открываем этот же файл и пишем doom2.