Когда есть возможность, лучше без адаптера, поскольку лишние контакты - лишнее место для проблемы.
Но если полноформатной SD нужного объема нет или MicroSD с нужными характеристиками заметно лучше или дешевле, то адаптер не проблема, они бывают дохнут (контакты недостаточно упругие и со временем отгибаются), но у всех их обычно много лишних лежит. Впрочем у меня один адаптер уже настолько старый (от гигабайтной карты), что с него вся маркировка стерлась и поверхность стала полированной, как у пианино, карту из него несколько тысяч раз точно вынимали, но контакт до сих пор отличный, а в 3DS никто не будет дергать карточку из адаптера по 50 раз за день.