Попробуй вкл синхронизацию.
Действительно, разрывы прекратились, но начал потрескивать звук

Полез опять по другим настройкам, но ряд пунктов не понятен, например, swap duty cycles и mute frame advance в звуке, force integral scaling factors, bg color и square pixels в видео. Да и не факт, что они помогут.
Там же: _http://www.emucr.com/search/label/Snes9X?&max-results=12
Теперь есть надежда, что snes9x всё-таки запашет нормально, спасибо. Дополнение: попробовал, не пашет. Точнее, работает, как 1.52, где у меня потрескивал звук. Решил частично проблему сменой звукового плагина в настройках, но и он иногда запинается, хотя и не часто. Плюс, он ещё не видит пути кириллицей.