Пользуюсь бесплатной версией DAEMON Tools Lite 10.5 в режиме SCSI.
Хм, а ведь Xe в данном случае сам может запускать образы дисков, потому эмулятор сидирома по-идее не нужен. Впрочем, вижу, что он мягко говоря не очень хорошо работает с образами PCFX.
В самой папке (где лежит прога) я создал папку bios (т.к. изначально папки не было), для чтобы скидывать туда ромы (биосы) эмуляторов (как в мануале было написано).
Ну, для остальных консолей по желанию можешь и папку roms создать, и ромсетов в неё накидать. Для PCFX ром нужен только один и лежит он у тебя в папке bios.
Насколько я понял формат файла ".cue" эмулируется, но он не может считать информацию со второго файла ".bin". Поэтому файл ".cue" видит, а ".bin" нет. Может в этом причина?
Может. Открой cue блокнотом и посмотри, что в нём написано. Возможно, название файла bin лучше укоротить до чего-нибудь очень простого, вроде game.bin, ну и соответственно в самом cue сделать такое же исправление.